Родилась в семье Вильяма Мебарака Шадида и Нидии дель Кармэн Торрадо. Её отец был владельцем ювелирного магазина на Сан Блас. Отец ливанский араб и мать колумбийка c испанской и итальянской кровью, дали ей имя, которое в переводе с арабского означает «благодарная», а на хинди — «богиня света». Шакира — первый ребёнок матери и 8-ой ребёнок отца.

Её детство прошло в Барранкилье, в апартаментах Эль Лемонсито, среди книг и латиноамериканских ритмов. Через некоторое время стала проявлять интерес к музыке и литературе. В три года научилась читать и писать, а в четыре года уже стремилась пойти в школу, но негибкость местных законов образования не позволили ей этого сделать.

В четыре года начала писать стихи. Родители сначала думали, что их дарование станет поэтессой или художницей. В школе же учителя видели в ней балерину, поскольку она часто танцевала. Излюбленным и по сей день её танцем остаётся танец живота.

В 8 лет написала песню «Твои темные очки» (Tus gafas oscuras) под впечатлением оптики дона Виллиама.

Свой первый альбом, «Magia», Шакира записала в 13 лет, подписав контракт с Sony Discos. Её всегда тянуло к року, но продюсеры полагали, что ей более подходит амплуа поп-певицы. Этот альбом не имел успеха. Второй альбом, Peligro («Опасность»), также не сделал Шакиру популярной, уступив по объёмам продаж даже предшествовавшему диску. Звукозаписывающая компания Sony Discos, изначально заключившая с певицей контракт на три альбома, дала ей последний шанс, на что Шакира поставила условие невмешательства в её работу.

Выпуск в 6 октября 1996 год нового альбома под эгидой колумбийского продюсера Луис Фернандо Очоа — Pies descalzos, suenos blancos («Босые ноги, высокие мечты») стал прорывом для Шакиры как на родине, так и на обоих американских континентах. Альбом представлял собой смесь поп-рока и латиноамериканских ритмов, и принёс певице необычайный успех в Латинской Америке, разойдясь тиражом в 4 млн экземпляров. На песню Estoy Aqui были отсняты две версии клипа. Шакира отправляется в 1995—1997 годах в своё первое турне по Южной и Северной Америке и даёт 59 концертов в 43-х городах.